保持水肥一体化系统的正常运行，延长系统和设备的使用寿命，维护和保养是关键。随着冬季的临近，特别是北方大田种植，开始进入非灌溉季节，对系统进行全面的维护，保障系统顺利越冬。
水肥一体化系统由供水系统、过滤系统、中央控制系统（水肥一体机）、灌溉管道系统和检测系统组成。
1. 供水系统的具体操作。
每年在非灌溉季节（冬季）对泵站和水库进行检修，保持工程完好，清除和冲洗水库淤积物，清理后及时将管道内的水排出，密封阀门和水井。
水泵表面的水痕要清洗干净，防止生锈。冬季使用完毕后，打开泵壳下的放水塞，将泵体内的水排出，防止泵生锈或冻坏。上油防锈。
2. 过滤系统的具体操作。
第一枢纽过滤系统是滴灌系统中防止滴头和滴灌管堵塞的关键设备，一般由离心式或叠层式过滤器组成。
自动反冲洗离心过滤器清洗工艺：打开污水储存罐一侧的排污阀，水流自动清洗罐内及储存桶内的沉淀物，直至污水出口排出清水为止。冬季清洗后，要把里面的水倒掉，防止冻裂。
砂滤器的反冲洗是砂床水流的反冲洗过程。在冬季非灌水季节，应彻底反冲洗，并注意反冲洗速度。用于过滤的介质用氯消毒，以防止微生物生长。清洗后，通过下排水口排出内部的水。注意，上部的小过滤器也应该清洗和排水。
自动反冲洗叠片过滤器冲洗完毕后，检查压差，从小过滤器上释放压力进行排水，待水排净后取下叠片进行单独清洗。会因重力作用而积聚在过滤器中，如果排水不彻底，过滤器会因结冰而损坏。
值得注意的是，安装在过滤设备连接管道上的减压阀，在冬季非灌溉季节也需要排水，可以拧开阀门上的小螺丝进行排水。
3. 中央控制系统（水肥一体机）的具体操作。
水肥一体机的灌溉季节结束后，应检查进出水口接头的连接和密封情况，清除污垢，及时排净设备和管道中的水分，防止冻裂。
引流可从以下几个方面进行：。
水肥一体机自带的施肥泵，拧开排水口的插头，将泵内的水排干。
旋松电磁阀与文丘里管管路的连接处，排出文丘里管和管路中的水。
拧松水肥机进出水口与主管之间的接头，将管内的水排出。
母液罐与水肥机连接处的过滤器应定期清洗，管路中的水应通过小过滤器旁的接头排净。
打开过滤器清洗叠片时，注意关闭母液桶处的开关，防止母液桶中的肥料液流出。如果母液桶中的肥液没有用完，可以保留一点，盖上盖子密封保存。（下图中蓝色标记处的开关应在管道中的水排出后关闭）。
4. 灌溉管道系统的具体操作。
清洗总管及各支管，先启动灌溉系统，走到灌水管末端，打开滴灌管末端的塞子，冲洗滴灌管末端及滴头内的污染物，直至清水流出。
要排干主支管路时，打开低位排水阀，依靠地形，依靠重力，或用空气压缩机将水彻底排干。使用时，需要关闭管道上所有的空气阀。
在现场进行水头（阀组）排水时，打开所有蝶阀、球阀、电磁阀上部排水口进行排水，拆除法兰或活接头，在其他弯头等容易积水的地方进行排水。
及时对设备进行维护和保养，并在冬季进行良好的排水，会使整个系统效率更高，延长其使用寿命，省时省事，来年使用无忧。